Ende-til-ende-kryptering sikrer at bare du og personen du snakker med, kan få tilgang til meldingene. Meldingene (og filene) kryptes før de sendes over nettverket med en nøkkel som bare deles mellom deg og mottakeren.
Bare mottakeren kan dekryptere og lese meldingen. Selv om meldinger overføres via Cryphos servere, er det ikke mulig for noen å dekryptere og lese dem, da nøklene kun er tilgjengelige for sluttbrukerne.
Dette er også tilfelle med delte filer.